Le più comuni e importanti analisi biochimiche del suolo sono collegate agli organismi che in esso vivono, a partire dalla determinazione della biomassa. Molte analisi biochimiche sono quindi al servizio di quelle microbiologiche o servono a comprendere l'entità e la composizione dei principali microrganismi del suolo.
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I metodi riportati nel manuale sono stati organizzati in quattro gruppi distinti. Il primo gruppo è dedicato ai metodi che servono a valutare la quantità della biomassa microbica e il suo contenuto in carbonio, azoto e fosforo. Gli altri tre raggruppano i metodi che consentono di dosare l'attività complessiva della biomassa, l'attività potenziale e infine i metodi relativi al dosaggio delle attività enzimatiche.